本作是根据正在播放的动画《游戏王GX》而改编的游戏，而《游戏王GX》是基于《游戏王》的无明显关连的后续动画作品。
游城十代在前往决斗学园的入学考试的途中，与传说中挑战者武藤游戏(《游戏王》中的主角)戏剧性的相遇，并接受了一张卡片。
但十代因此而迟到错过了入学考试。为此十代恳求库洛诺思教授让他过关, 然而无论十代怎样恳求，库洛诺思教授都不同意。
于是十代VS库洛诺思教授的决斗开始了……
游戏的剧情就是发生在这个决斗学园中，玩家要扮演一个学园的新生，去挑战那些原作中的主角们，并以卡片决斗的方式打倒他们。
